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澄迈公司，只有两个股东（张浩和刘霞），2006年3月取得澄迈县盈滨半岛“盈滨雅园别墅小区”项目的土地使用权，该项目土地性质为旅游用地，土地使用权有效期至2055年12月19日。项目建成于2011年。
《房产预售许可证》颁证时间为2009年12月23日，澄迈公司与张浩等14人的《商品房买卖合同》签订时间为2011年8月22日，合同约定房屋售价为每平米6580元，并于2011年8月31日以该价格在澄迈县地税局某分局开具全额购房发票，预缴土地增值税人民币1077122.97元。
2013年10月9日，澄迈公司向澄迈县地方税务局某分局申报办理土地增值税清算。随后，由海南鹏林会计师事务所对涉案项目土地增值税清算进行了专项检查鉴证。税务部门接纳鉴证报告中股东购买的两套别墅的售价按每平方米6580元，但其他12套项目别墅销售价应调整为每平方米9450元，总销售收入为48288520.10元。
为此，澄迈公司应补交土地增值税8727998.63元，补交营业税及附加681143.27元，应补交税费合计9409141.90元。
土地增值税自从采取先预缴后清算的缴税方式以来，在清算阶段税务机关工作量比较大，企业应该如何避免风险？
房地产企业的土地增值税清算，应该“主动”还是“被动”？
澄迈公司认为自身的做法并无不妥。首先，其实际销售时间是2008年~2009年，售价4000元/㎡。2011年是开票时间。澄迈公司申报土地增值税的售价6580元价格是2011年8月税务机关所确定的最低计税价格，该价格已经超出了实际售价，不存在销售价格明显偏低的情况。
另外，该项目虽然名为别墅，但是其配套、房屋质量等与豪宅还是有差距。因此税务机关以9450元/㎡的单价作为计税依据不合理。
最后，澄迈公司认为税务机关存在程序瑕疵，违反法定程序。
土地增值税的清算条件，是指应缴土地增值税的开发项目进行清算应达到的条件。土地增值税的清算条件有两种，一是主动清算条件，二是被动清算条件。
税务机关从项目销售时间、价格等逐一分析，认为做法正常。
税务机关认为，2011年8月22日为房屋销售时间。澄迈公司申报提供的《商品房买卖合同》，签订时间均为2011年8月22日，购房者签订合同后按约支付了购房首付款，且于2011年8月31日在澄迈县地方税务局开具全额购房款发票。股东以个人名义与购房者签订售房合同并不能代表澄迈公司等理据。
另外，税务机关认为澄迈公司涉案项目商品房销售价格明显偏低且无正当理由。根据《海南省地方税务局关于土地增值税清算有关问题的通知》第三条第（三）项，税务机关以9450元/㎡的单价核定销售房屋收入合理。
最后，税局机关强调对涉案项目进行土地增值税清算审核工作，程序合法。
2013年，国税总局发布《关于进一步做好土地增值税征管工作的通知》（税总发〔2013〕67号）进一步明确加强对土地增值税的清算工作，该文件是国家税务总局对加强土地增值税清算工作的指引，强调通过巡回督察、加强地方官员绩效考核等方式，推进各地税务机关土地增值税清算工作。
双方各执一词，闹到法院，法院如何判定？
一审法院于2015年3月10日判决撤销《土地增值税清算税款缴纳通知书》和《限期缴纳税款通知书》。责令税务机关重新对澄迈公司的土地增值税进行清算。
具体理由如下：
1、涉案行政行为依据的事实有问题
（1）税务机关核定涉案房产的销售价格是以复函为依据，但是复函本身有问题，因为没有选取售价为6500元/㎡的中华坊进行价格测评却未说明理由。
（2）核定房地产价格时未充分考虑土地的性质及其使用年限。
（3）税务机关对澄迈公司股东张浩、刘霞的房产的价格按照开票价格6580元予以认定，对其他购房者的价格却认定不同价格，只因为张浩、刘霞是股东而售价不同，这个理由不充分。
（4）审鉴报告、初审意见认定销售时间为2009年12月至2011年8月，但是鉴证报告、初审意见中认定销售时间为2011年8月22日，存在自相矛盾。
2、适用法律存在错误
税务机关依据《海南省地方税务局关于土地增值税清算有关问题的通知》（琼地税法（2009）187号文）第三条规定进行申辩。但是在本案中，税务机关忽视澄迈公司同期、同类商品房平均销售价格（两名股东的购房价格-6580元/㎡）而直接适用第（三）项来确定商品房销售价格缺乏法律依据。
3、税务机关作出行政行为的程序有问题
（1）鉴证报告应由税务师事务所出具，而非会计师事务所出具。
（2）税务机关提供的证据未能显示税务机关曾在清算过程中亲自或委托他人实地核查涉案项目中所应具备的经相关领导批准的《土地增值税清算下户申请》和《实地核查通知书》，不能证明确实进行过对涉案及相关项目销售价的实地查看和对比，进行过价格确定工作，故其核定项目价格的程序违法。
（3）澄迈公司向税务机关提交《请求对涉案项目土地增值税清算资料进行审核认定申请》后，税务机关对其申请未进行审验，也未对其申请进行答复，违反了海南省地方税务局琼地税发（2013）16号文中关于清算工作程序的规定。
国家税务总局相继出台了加强土地增值税征管的政策文件，对清算条件、收入确认、成本费用和扣除等方面都作了较为明确的规定。《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》(国税发〔2009〕91号)对土地增值税清算做了详细规定。但由于土地增值税政策专业性强、操作过程复杂，时间跨度长，税款金额较大等原因，现实中多数房地产开发企业对清算规定执行不到位，达到条件主动清算的企业很少，才导致土地增值税清算的涉税风险不断加大。
小坤建议：企业在熟悉相应的税收法律、法规的基础上，应对省级土地增值税清算的操作标准及相应的操作细则认真研究，解决清算实践中的现实问题，避免涉税风险。 |
