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2004年8月，某市国税局组织人员对全市金融系统的储蓄利息税代扣代缴情况进行了专项检查，检查的重点是2003年以来各金融单位是否按照国家法规规定代扣代缴利息税，有无滥用国家的免税政策的情况。在对某国有商业银行检查过程中，发现该企业2003年全年储蓄利息支出262万元，应代扣利息税52.4万元左右，而当年代扣利息税仅47万元左右，误差利息税5.4万元。误差的存在是正常的，因为当期储蓄利息支出可能有1999年11月份开征利息税之前的利息支出和教育储蓄的免税利息支出，检查人员对照原始凭证逐笔进行审核，在扣除了不用计税的两种情况后，发现仍有3.1万元利息支出的误差，财务负责人对此不能自圆其说。
据了解，经销凭证式国债对于银行来说只是一笔中间代理业务。银行按照财政部委托发行计划销售国债，收到投资者款项后上划到财政部，由财政部按一定比例拨付发行费用，投资者到期兑付以后，也由财政部拨付债券本金及利息，与银行本身的损益不发生关联，银行只有在收到代理业务收入时才核算损益。
银行核算流程应当为：偿付本金时，对应科目为“××年国债本金支出”；付息时，对应科目为“××年国债利息支出”。这两个科目都是代收代付科目，与银行自身损益无关联。
检查人员又进一步核实了本金冲减的对应科目，经查询对应科目为“5年期定期储蓄存款”，该行开具的是专用国债凭证，按国债利息支付，不计提利息税。
为什么不记在相关国债业务科目，而记在储蓄存款的相关业务科目？银行财务负责人员作出了解释：国债的发行是有计划的，每年的计划又是有限的，而国债由于利息高、不扣利息税等优点深受老百姓的喜爱，分到本行的计划远远不能满足老百姓的需求。根据储户的强烈要求，同时也由于上级部门对于空白国债凭证控管不严，我行利用这些空白凭证超计划发行了一部分国债，因为国债科目是专用的，数目不能超，实在没办法先用定期储蓄科目过渡一下，也能暂时顶一下储蓄任务，等追加到了计划或者下年计划下来后再冲减。因为这是国债，法律规定免税，所以没有计提利息税。
检查小组针对案情，形成了两种初步处理意见。
第一种处理意见认为应补缴企业所得税，理由是：（1）企业承认是超计划发行的国债，无论余额再大，都可以通过申请追加下一年计划调账，从定期储蓄科目余额向国债本金科目结转进行调整；（2）超计划发行情况普遍存在，国债超计划发行是否违法不属于税法的调整范畴，只要最终该笔资金向上划解形成国债转交财政部，即与储蓄无关；（3）储户拿到手确实是真正的凭证式国债，购买国债也是基于对国家的信任，得到的是国债高息，应当享受免税优待，不应扣利息税，如果拿着国债兑付还要扣利息税，容易使不了解内情的老百姓对国债产生信任危机；（4）银行在账务处理上将国债利息支出列入“定期储蓄利息支出”，与银行本身的利息收入进行配比，参与损益计算，明显虚列了支出，影响了当期的应纳税所得额，应就地补缴应纳税款，并可根据情节予以处罚。
第二种处理意见认为应补缴利息税，理由是：（1）国债是以国家名义发行的，只有国家财政收到并使用才可能对该笔债务负责，而事实上国家尚未收到该笔资金；（2）国家资金使用有预算制约，未列入预算收入与支出游离于国家监控之外的资金不能被视作国债，所谓超计划发行（国家根本就不需要这么多债务，何需银行替人家多借）更是无稽之谈；（3）该笔资金在检查之日并没有上缴国家，而是被企业作为自身吸储余额向外放贷，为银行自身经营创造效益；（4）银行既然已经入账在储蓄利息支出，又不属于国家免税项目，应补缴利息税；（5）实质上是银行借国家的名义，利用国债式空白凭证管理混乱的空子为自身经营高息揽储，在欺骗国家的基础上又欺骗了储户，既然是揽储行为，就应代扣代缴利息税。
市国税局审理委员会最后作出如下处理意见：（1）该行应补缴利息税，因为虽然形式上使用的是国债凭证，但实质上形成了利用国债凭证为银行自身高息揽储的事实，该行将其作为储蓄存款余额，与国债的实际划转运营无关联；（2）认可这些储蓄利息支出在损益表中的列支；（3）根据税收征管法规定对该行进行一倍处罚。同时向该行建议：为避免国债持有者对国债的信任危机和对银行产生诉讼，避免不必要的社会波动，凡持该种形式国债实质储蓄存单的取款者应不扣利息税，而由银行用自有资金向税务机关申报缴纳，款项列支在与生产经营无关的“营业外支出”科目，并且所得税税前不能扣除。
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