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某进出口公司是国有外贸企业，下设6个非独立核算部门和8个独立核算的子公司，为增值税一般纳税人。主要经营粮油食品的进出口业务、国内购销业务。1996年8月，M省国税局稽查分局对其进行了日常稽查，在稽查过程中，发现该企业在内贸方面纳税存在问题，遂对其进行了一次全面检查。稽查人员对该公司进行税务检查的工作原则是：首先，深入了解、掌握与粮油销售有关的税收法律、法规和规章，深入企业了解该企业的经营状况、财务处理情况、财务核算方式。其次，根据掌握的情况拟定查账方案，进驻企业，采取“分工协作、适度集中”的原则。第三，全面检查与重点抽查相结合，对内销部分采用全面检查方式，对“库存商品”的贷方与“销售收入”的贷方核对原始凭证，区分销售对象，划分征免范围。第四，逆查法与顺查法相结合，分析会计报表、应交税金及出口退税。
经查，该公司主要违法事实如下：
1.1994年3月将“待摊费用”中的期初存货已征税款，在无任何手续和理由的情况下，擅自转入当期进项税额，虚报并多抵扣当期进项税额666912.79元。2.1994年少申报内销货物应缴纳的增值税394958.24元。
3.1994年和1995年所取得的增值税专用发票共199份，抵扣当期进项税额5478150.02元，均未按规定装订成册。
4.1994年初将原为寄售商品1759104.88元，虚假列入期初存货，多列期初存货进项税额246274.65元。
5.1995年11月在库存商品盘点中，短少货物254435.29元，经查属1993年残次商品，未作账务调整，多抵扣期初存货已征税款41419.60元。
6.1994年至1995年销售自己使用过的而应征消费税的小汽车共3台，未申报缴纳增值税。
7.1994年丢失普通发票5本，未向主管国税机关报失。
依据上述事实，税务机关作出如下处理决定：
1.根据《中华人民共和国税收征收管理法》第四十条和财政部、国家税务总局《关于一般纳税人1994年期初存货已征税款计算和处理问题的补充通知》（财税字［1994］19号）的规定，该公司1994年度少报内销商品增值税394958.24元和虚报多抵扣期初进项税额666912.79元，属偷税，除追缴其税款外，并处罚款800000元。
2.根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条和财政部、国家税务总局《关于增值税、营业税若干政策规定的通知》（财税字［1994］26号）的规定，该公司盘亏的库存未作进项税额转出，应补缴增值税41419.60元；销售使用过的汽车应补缴增值税17791.10元。
3.根据国家税务总局《关于实行增值税的企业期初存货已征税款的处理意见的通知》（国税发［1994］60号）规定，该公司将原为寄售商品1759104.88元，作为期初存货反映，现应剔除多列的期初进项税额246274.68元。
4.根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十条、三十六条和国家税务总局《增值税专用发票使用规定（试行）》（国税发［1993］150号）第三十四条的规定，该公司1994年丢失普通发票本，以及1994年至1995年所取得的增值税专用发票未装订成册，分别处以罚款10000元，并责令该公司加强发票管理，不得再发生类似行为。
以上共追缴税款1367356.41元，罚款820000.00元，合计2187356.41元。
（一）该案反映的税收政策和税收征收管理方面的问题
1.新税制实施后，对粮食企业出台了单一的税收政策，对粮食企业的发展起了相当的促进作用，但在实际运行中，却存在一定难度，如果严格按照财政部、国家税务总局《关于调整农业产品增值税税率和若干项目征免增值税的通知》（财税字［1994］4号）的规定，以销售对象划分征、免税，很难办到，且不说人力，物力不允许，就是从企业核算上也很难划分清楚。因此，各地基本上都是按省、市政府下达的政策供应数量采取核定量或核定比例进行征税，在执行税收政策方面虽不尽统一，但也无可奈何。
2.同一企业既有征税业务，又有免税业务，相当部分进项税金是共同享用，但销售免税产品时，难免有所疏漏，这就造成非主观故意的偷税。
3.根据税收政策规定，收购农业产品可按10％计算抵扣进项税额，因此粮食企业普遍存在应开具增值税专用发票而只给对方开具普通发票。究其原因：一是企业对增值税专用发票和普通发票的认识不深刻，认为开具增值税专用发票必须缴纳增值税，普通发票或自制发票就不一样。二是对粮食企业的发票管理不严，粮食企业现在仍然使用自制发票结算各项业务。
1.尽快完善现行粮食税收政策，以体现税制的严肃性。
2.调整农产品——粮食的适用税率，现行的粮食税收政策是实行高征低扣，对粮食企业生产（经营）有很大影响，建议收购农产品抵扣可调整为13％，使进、销税金计算同步，以利粮食企业的发展。
3.改变对粮食企业的现行征免税政策，实行“先征后返”的办法，严格政策性粮油和经营性粮食油的核算制度。
4.加强对企业财务人员的税收业务培训。有不少的财会人员业务不熟，对税法规定不甚了解，造成了非主观念故意的偷税行为。
5.强化税收征管，健全和完善内部征管制度。当地主管税务机关要及时了解纳税户的情况，对企业长期存在的问题以及一些特殊情况，要主动向上级税务机关汇报，既要实事求是，又要按照税法规定，共同研究，妥善地解决这一矛盾。
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