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1．对适用税目、税率的稽查。在稽查时主要分为两步，一是掌握纳税人的各种应税凭证，明确这些凭证的性质与特征；二是参照《印花税税目税率表》以及财政部、国家税务总局的有关规定，确定各应税凭证所属的税目，核实纳税人有无错用税目税率的情况。尤其应注意以下问题：
(1)纳税人有无将按比例税率和按定额税率计征的凭证相互混淆。如将营业账簿中记载有“实收资本”和“资本公积”的账簿等同于其他账簿，错按定额五元纳税贴花。
(2)纳税人有无将载有多项不同性质经济业务的经济合同误用税目税率。例如一份合同中，分别记载有“加工承揽合同”和“购销合同”的经济内容，纳税人未分别按各自的税目税率计税贴花。对此类合同的稽查，应当注意签订合同双方单位的性质、经营范围以及合作内容，借此发现问题。
(3)纳税人有无将性质相似的凭证误用税率。如将建设工程勘察设计合同错按建筑工程承包合同的税率计税贴花。
(4)技术合同、租赁合同等，在签订时因无法确定计税金额而暂时按每件五元计税贴花的，是否在结算实际金额时按其实际适用的比例税率计算并补贴了印花。
(5)对国家已作调整的税目税率是否仍按原规定计税贴花。如国家税务总局1990年5月3日国税函发[1990]428号规定，从1990年7月1日起，各类保险合同的计税依据改为保险费收入，税率改为：1‰。应注意纳税人是否仍沿用按投保金额的0．3‰0计税贴花。
2．对计税依据的稽查。印花税计税依据的稽查，重点是对适用比例税率部分应税凭证的计税依据的稽查。
(1)对应税合同计税依据的稽查。需重点注意以下几个问题：
①合同所载金额有多项内容的，是否按规定计算纳税。一例如对各类技术合同，一般应按合同所载价款、报酬、使用费的合计金额依率计税，但为了鼓励技术研究开发，对技术开发合同，只就合同所载的报酬金额计税，研究开发经费不作为计税依据。若合同约定按研究开发经费一定比例作为报酬的，则应按一定比例的报酬金额计税贴花。
②已税合同修订后增加金额的，有否补贴印花。按税法规定，已税合同修订后减少金额的，已纳税款不予退还；但增加金额的，应按增加金额计算补贴印花税票。
③未注明金额或暂时无法确定金额的应税凭证，是否已按规定贴花。对于签订时无法确定金额的应税凭证，在最终结算实际金额后，是否按规定补贴了印花。
④以外币计价的应税合同，是否按规定将计税金额折合成人民币后计算贴花。
⑤当合同中既有免税金额，又有应税金额时，纳税人是否正确计算纳税。
对合同计税依据稽查的方法，主要是逐项审阅应税合同，对照税法规定，划分征免界限，核实应纳税额，并与粘贴的应税合同上的印花税票或缴纳印花税的缴款书核对，看是否相符。
(2)对记载资金的营业账簿的计税依据的稽查。稽查时，应重点注意两个问题，一是账簿按规定计算贴花后，发生因增资或接受捐赠、资产重估增值等而使其记载的资金增加的，是否对增加部分的资金计算补贴印花；二是上下级单位之间发生资金拨缴关系的，其计税依据是否正确。
对记载资金营业账簿稽查时，可先审查“实收资本”和“资本公积”账户的余额，核实纳税人账簿上记载的计税金额，然后按规定的税率计算出应纳税额，与纳税人实际缴纳的印花税(粘贴在账簿上的印花税票)核对，如应纳税额大于已纳税额，对其少缴纳的印花税应责令其补缴，并按有关规定进行处罚。
(3)对产权转移书据的计税依据的稽查。稽查人员可以先审阅产权转移书据的内容，并与“固定资产”、“无形资产”等账户发生额核对，核实其实际发生的计税金额；同时按规定的税率验算其应纳税额，并与产权转移书据粘贴的印花税票核对，看有无存在错算或少缴印花税的问题。
(4)对适用定额税率的应税凭证的计税依据的稽查。稽查的重点是核实应税凭证件数及每件应税凭证的纳税情况。稽查人员应注意纳税人是否有疏忽遗漏或故意隐匿应税凭证的问题。
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