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(一)合法性问题
证据的合法性是指证据的形式和取得程序符合法律、法规、规章的要求。行政诉讼中采用的定案证据必须形式合法、取得的程序和方式合法、主体合法。《税收征管法》对税务人员取得证据的程序进行了明确规定。但在稽查实践中，这些规定往往被稽查人员所忽略，从而使证据的合法性受到影响。比较突出的情况有：
强行搜查获取证据。根据《税收征管法》第五十四条规定，税务机关有权检查纳税人的账簿、记账凭证、报表和有关资料，检查扣缴义务人代扣代缴、代收代缴税款账簿、记账凭证和有关资料；有权责成纳税人、扣缴义务人提供与纳税或代扣代缴、代收代缴税款有关的文件、证明材料和有关资料。但是，法律并未赋予税务机关类似公安、安全、检察机关所享有的搜查权力。在实际工作中曾有过这样的案例，稽查人员在有充分理由怀疑企业设有两套账簿的行为时，进行突袭，趁企业财务人员没有反应过来直接打开办公室抽屉寻找证据。此类情况下，稽查人员没有按照法定权限履行自己的职责，因此收集的证据不具有合法性。
延期调账。在取得证据的程序合法性方面，延期调账是目前出现较为频繁，但又极易被忽视的一类问题。《税收征管法实施细则》规定：“经县以上税务局(分局)局长批准，可以将纳税人、扣缴义务人以前年度的账簿、记账凭证、报表和其他有关资料调回税务机关检查，但是税务机关必须向纳税人、扣缴义务人开付清单，并在3个月内完整退还；有特殊情况的，经设区的市、自治州以上税务局局长批准，税务机关可以将纳税人、扣缴义务人当年的账簿、记账凭证、报表等其他相关资料调回检查，但是税务机关必须在30日内退还。”一些特殊案件，如多部门联合稽查的案件，经常难以在30日，乃至3个月内完成，在此期间仍需要查阅企业的相关资料。在此情况下，有的稽查人员退还账簿等资料的时间超过了3个月，这是明显的延期调账行为，程序的不合法将导致证据无效。另外，一些稽查人员虽然在时限将至时重新填制了《调取账簿资料通知书》和《调取账簿资料清单》，从形式上延长了退还账簿的时间，但由于在新制文书前没有归还所调取的账簿资料，仍属延期调账行为，同样会因为收集证据的程序非法导致实体无效。
(二)证据真实性问题
未对证据进行质证。所谓质证，是指在法庭审理过程中，双方当事人通过质疑、辩驳、对质、辩论等方式证明证据效力的活动。税务稽查的目的和性质虽然与法庭审案有所不同，但法院通过质证提高证据真实性的做法，对税务稽查工作有一定启发意义。对税务机关而言，质证不仅能够提高证据的真实性，而且可以使税务机关与当事人就涉税证据达成共识，从而为稽查执行工作打下良好的基础。
税务稽查证据主要来源于两方面，一是被查企业提供的证据，由于税务稽查人员没有搜查的权限，所以更多时候是对企业提供的证据进行分析、核实；二是来源于关联企业、银行、政府机关的证据，此类证据普遍未经企业质证。未对从相关部门取得的证据进行质证，是税务稽查证据质证相对于法院质证的不足之处。
电子证据的真实性问题。随着信息技术的迅速发展，电子数据作为一种新的证据形式被企业广泛运用。《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》第六十四条指出，以有形载体固定或者显示的电子数据交换、电子邮件以及其他数据资料，其制作情况和真实性经对方当事人确认，或者以公证等其他有效方式予以证明的，与原件具有同等的证明效力。目前的稽查取证多是将电子数据打印出来以书证的形式作为证据采纳，但书证作为证据的原则是尽量提供原件，确切地说打印资料或电子邮件等电子资料并不能算做标准的书证证据。所以，稽查人员在打印或转换电子资料作为书证保存时，需要配以能够证明电子数据转换过程的证据。
(三)相关性原则
证据的关联性是指作为证据的材料必须与违法事实具有客观联系，具有证明作用。从当前的稽查实践来看，证据相关性不强的问题比较突出。
稽查证据间没有形成完整的链条。《行政诉讼法》规定的证据有书证、物证、视听资料、证人证词、当事人陈述、鉴定结论、勘验笔录及现场笔录等。这些证据不能孤立存在，应当相互联系，形成证据链条。目前税务机关在检查中主要采取查账、实地检查和询问等方式，认定案件事实的证据也相应地以书证和询问笔录的形式提取，对于视听材料、实物证据等证据类型的使用还仅限于个别案例，其他如现场笔录、鉴定结论等，运用得更少，取证角度非常狭窄。与《行政诉讼法》规定的七种证据类型相比，显得较为单一，对案件事实的证明力也比较薄弱。
不能及时排除非相关证据。实际操作中，一些稽查人员将企业的工商营业执照、税务登记证、会计报表、企业财务制度、公司结构说明等与违法事实没有客观联系的证明资料一一复制和使用。这种泛泛堆砌证据，未对证据进行关联性取舍的做法，不利于稽查部门做出正确的检查结论。
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