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案情概览
2009年7月，A公司对X项目进行开工建设
2010年11月，X项目竣工结算。
2013年11月，K税务师事务所接受委托，对X项目进行鉴证审核。当月，A公司向B县税务局进行土地增值税清算申报，一期应退土地增值税税额共计1,104,168.26元，B县税务局作出准予退税的决定。
2015年12月，B县税务局作出《税务事项通知书》，要求A公司申报补缴土地增值税1,104,168.26元。
B县税务局认为：A公司办理土地增值税退税未按照税收法律、法规的规定对涉及不同类型的房地产项目分别计算增值额金、增值率、缴纳土地增值税，属于计税依据和政策适用错误，应当补缴税款。
争议焦点
“土地增值税最小计算单位为一个幢号”的法律规定和分别核算土地增值额的规定是否冲突，存在“土地增值税最小计算单位为一个幢号”的规定的情况下是否可以在最小计算单位内合并计算土地增值额。
法院认为，《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发〔2006〕187号)第一条规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算，开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题的规定的通知》(财税字〔1995〕48号)第十三条规定，对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。上述法律规定与A公司主张，“土地增值税最小计算单位为一个幢号”的法律规定并不矛盾，土地增值税最小计算单位为一个幢号，但并不影响对一个幢号中不同类型的房屋分别计算增值额，征收土地增值税。
有关A公司主张“分别计算增值额，并不产生分别计算土地增值税，而是为了区分普通标准住宅”，法院认为：分别核算增值额的目的，就是为了分别计算土地增值税，通过分别核算土地增值税，进而起到税收杠杆调节的作用，促进房地产开发的健康发展的目的。故A公司该主张不予采纳。
有关A公司认为其可以以放弃免税权利为代价，来要求合并计算土地增值额，进而合并计算土地增值税的上诉理由，法院认为，财税字〔1995〕48号第十三条对应该分别计算，没有分别核算的纳税人，普通标准住宅不得享受免税的规定，是一种惩罚性条款，而非选择性条款。所以A公司的该上穗诉理由，与法律原意相悖，系其错误理解法律意思所致，不予采纳。
在实际清算工作中，我们遇到最多的是开发项目同时包含商业和住宅的综合楼盘，这类型项目既开发有商铺、宾馆饭店、写字楼、车库，还有住宅，住宅又有普通住宅和非普通住宅之分，这就需要我们分别计算增值额。但分别计算增值额，税率是否应分别确定，还是合并计算增值额后确定呢?点击学习文章：房企土增清算工作中的5大重点和难点
大中城市的房价高，增值额大，二级城市和县城等房价略低，增值额略小，而土地增值税预征率是按照发达的大中城市状况测算确定的，二级城市和县城预征率偏高，清算后出现大量退税情况。再加之土地增值税清算的办法各异，导致税负不公，退补税款差异大。故科学确定增值额的方法是土地增值税清算的核心。
小编点评
本案的争议焦点在于“土地增值税最小计算单位为一个幢号”的法律规定和分别核算土地增值额的规定是否冲突。
我们认为，规定土地增值税最小计算单位是因为同一个房地产开发商有不同地段的开发项目，项目也有不同的周期。如果不分周期不分区域地统一进行土地增值税核算，无法有效开展工作，征缴税款。我国《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发〔2006〕187号)第一条规定，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算，这是为了确定土地增值税征收的时间单位，而“土地增值税最小计源算单位为一个幢号”的法律规定则确定了土地增值税征收的空间单位。这两条规定都是管理性的规定。在“土地增值税最小计算单位为一个幢号”的规定下，对于同幢内的房产区分普通标准住宅和非普通标准住宅分别计算仍然具有可行性。
同时也需注意到各地可能存在特别规定，合并计算仍是一种可行的模糊处理的税收办法，应遵照执行，比如天津和安徽出台文件允许合并。但在当地不存在特别规定的情况下，应注意普通标准住宅和非普通标准住宅存在不能合并计算的风险。
案例原文：
新疆维吾尔自治区喀什地区中级人民法院
行 政 判 决 书
(2018)新31行终5号
上诉人(原审原告)：巴楚县新联房地产开发有限责任公司，住所地巴楚县创业大道(工业园区管委会)。
法定代表人：魏太红，该公司总经理。
委托诉讼代理人：尹海涛，该公司董事。
委托诉讼代理人：朱宏杰，新疆四至律师事务所律师。
被上诉人(原审被告)：国家税务总局巴楚县税务局，住所地巴楚县团结西路9号。
法定代表人：于飞，该局局长。
委托诉讼代理人：王凯，该局副局长。
委托诉讼代理人：胡志翔、厚之纯新疆正嘉律师事务所律师。
上诉人巴楚县新联房地产开发有限责任公司(以下简称新联公司)因不服房地产增值税征收纠纷一案，不服巴楚县人民法院做出的(2017)新3130行初5号行政判决，向本院提起上诉，本院依法组成合议庭，于2018年9月19日公开开庭进行了审理。新联公司的委托诉讼代理人尹海涛、朱宏杰与国家税务总局巴楚县税务局(以下简称巴楚县税务局)的委托诉讼代理人王凯、胡志翔、厚之纯到庭参加了诉讼，本案现已审理终结。
原审查明事实：2009年7月5日，新联公司对巴楚新联“未来城”一期1-4号商住楼进行开工建设，2009年12月30日竣工。2010年3月15日，新联公司对巴楚新联“未来城”一期5-6号商住楼进行开工建设，2010年11月15日竣工。2013年11月23日，克州鑫华税务师事务所有限责任公司接受委托，对新联公司开发的“新联未来城一期1-6号商住楼”项目截止2013年5月31日土地增值税清算税款申报进行鉴证审核。同年11月23日，新联公司向巴楚县税务局进行土地增值税清算申报。新联公司申报了新联未来城一期1-6号商住楼项目土地增值税：1-4号商住楼增值率为-16.92%，其中普通住宅增值率0.00%，其他项目增值率-16.92%，应缴土地增值税税额0.00元，已缴土地增值税税额470105.92元，应退土地增值税税额470105.92元;5-6号楼商住楼增值率为-7.74%，其中普通住宅增值率为0.00%，其他项目增值率-7.74%，应缴土地增值税税额0.00元，已缴土地增值税额634062.34元，应退土地增值税税额634062.34元，一期应退土地增值税税额共计1104168.26元。2013年11月24日，巴楚县税务局作出准予退还已预缴的土地增值税1104168.26元，且于2014年6月19日将该笔款项退还给新联公司。2015年10月9日，巴楚县税务局案件检查情况：“我局第一税务所在2015年10月的日常征管工作自查中，对前期退税资料进行复查，发现巴楚县新联房地产开发有限责任公司2014年6月办理土地增值税退税1104168.26元，未按照税收法律、法规的规定对涉及不同类型的房地产项目分别计算增值额、增值率、缴纳土地增值税，属于计税依据和政策适用错误，责令第一税务所追回已退还的土地增值税，并按照税收法律、法规的规定重新审核该项目土地增值税清算资料。”2015年12月23日，巴楚县税务局作出巴地税通【2015】1130号税务事项通知书，通知内容：“限巴楚县新联房地产开发有限责任公司在收到本通知后7日内，向我局申报缴纳土地增值税1104168.26元”，且将该通知已送达新联公司。2016年1月8日，巴楚县税务局作出巴地税通【2016】1号税务事项通知书，事由：“我局于2015年12月23日向你公司送达了《税务事项通知书》巴地税通【2015】1130号，责令你公司7日内申报缴纳土地增值税1104168.26元，截止到2016年7月1日未申报缴纳。依据《中华人民共和国税收征收管理法》第八十八条第一款、《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第一百条之规定，责令新联公司在收到本通知后15日内向我局提供纳税担保···。”2016年2月24日，喀什地区地方税务局作出喀地税复决字【2016】1号行政复议决定书：“巴楚县新联房地产开发有限责任公司对巴楚县地方税务局2015年12月23日作出的《税务事项通知书》(巴地税通【2015】1130)对退还的预缴土地增值税予以补征的决定不服。在巴楚县税务局规定的期限内提供纳税担保后，于2016年1月18日向我局提出行政复议申请。根据《中华人民共和国行政复议法》第二十八条、《行政复议法实施条例》第四十五条、第四十九条、《税务行政复议规则》第七十五条第三款，本机关决定：(一)撤销被申请人《税务事项通知书》(巴地税通【2015】1130号)具体行政行为。同时立即解除纳税担保关系。(二)责令被申请人自收到复议决定书之日起六十日内重新做出土地增值税清算审核相关事宜的具体行政行为。”2016年3月7日，巴楚县税务局作出巴地税通【2016】2号税务事项通知书：“根据喀什地区地方税务局作出喀地税复决字【2016】1号行政复议决定书第一项规定，解除新联公司2016年1月13日向巴楚县税务局提供的纳税担保。”同日，巴楚县税务局对“新联未来城一期”土地增值税清算审核报告结果为：“1、普通标准住宅清算审核后增值额为-13783747.40元，增值率为0，应缴纳土地增值税0元，已预征0元，应退土地增值税0元;2.非普通住宅清算审核后增值额为-308946.71元，增值率为0，应缴纳土地增值税0元，已预征0元，应退土地增值税0元;3.非住宅清算审核后增值额为8255836.49元，增值率为34%，应缴纳土地增值税2476750.95元，已预征0元，应补土地增值税2476750.95元。”2016年3月15日，巴楚县税务局作出巴地税通【2016】3号税务事项通知书，“依据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十六条、《国家税务总局关于印发〈土地增值税清算管理规程〉的通知》(国税发[2009]91号)之规定，对你公司开发的‘新联未来城一期项目’土地增值税清算申报重新审核，审核后应补征土地增值税2476750.95元。”新联公司对该决定不服，于2017年4月11日申请复议，同年4月14日，喀什地区地方税务局作出行政复议不予受理决定。新联公司不服，现诉至法院，要求撤销巴楚县税务局于2016年3月15日作出的巴地税通【2016】3号《税务事项通知书》。
原审判决认为，2016年3月15日，巴楚县税务局作出巴地税通【2016】3号税务事项通知书，对新联公司开发的‘新联未来城一期项目’土地增值税清算申报重新审核，审核后应补征土地增值税2476750.95元。新联公司对该决定不服，于2017年4月11日申请复议，2017年4月14日，喀什地区地方税务局认为新联公司复议申请超过法定的申请期限，作出行政复议不予受理决定。本案要审查的是巴楚县税务局向新联公司作出的巴地税通【2016】3号《税务事项通知书》所认定的事实是否清楚，适用法律、法规是否正确，程序是否合法。新联公司开发的“巴楚新联未来城”包含普通住宅和非普通住宅。新联公司在向巴楚县税务局申报土地增值税清算时，将普通住宅和非普通住宅合并清算，申报应缴土地增值税为0。新联公司认为合并清算的主要依据是国税发【2006】187号、财法字【1995】6号、国税发【2009】91号、新地税发【2005】208号的规定，本案土地增值税的清算以“幢”为单位进行核算已经到了最小单位，无法再继续细分;且依据《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字【1995】48号)第十三条规定“关于既建普通标准住宅又搞其他类型房地产开发的如何计税的问题，对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条(一)项的免税规定”;国务院令1993年第138号《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第八条有下列情形之一的，免征土地增值税：“(一)纳税人建造普通标准住宅出售、增值额未超过扣除项目金额20%的”。新联公司认为其完全可以以放弃免税权利为代价，来合并核算土地增值额。但巴楚县税务局依据《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》(国税发【2009】91号)第十七条规定，“清算审核时，应审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批，备案的项目为单位进行清算;对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算;对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税”。巴楚县税务局对新联公司的普通住宅、非普通住宅、非住宅分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税，计算出原告应缴纳：“1、普通标准住宅清算审核后增值额为-13783747.40元，增值率为0，应缴纳土地增值税0元，已预征0元，应退土地增值税0元;2.非普通住宅清算审核后增值额为-308946.71元，增值率为0，应缴纳土地增值税0元，已预征0元，应退土地增值税0元;3.非住宅清算审核后增值额为8255836.49元，增值率为34%，应缴纳土地增值税2476750.95元，已预征0元，应补土地增值税2476750.95元”。巴楚县税务局依据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则与相关政策规定，向新联公司发出税款缴纳的通知，并告知了相关权利义务。巴楚县税务局作出的具体行政行为所认定的事实清楚，适用法律、法规正确，程序合法。新联公司要求撤销巴楚县税务局于2016年3月15日作出的巴地税通【2016】3号《税务事项通知书》的诉讼请求，无法律依据，应予以驳回。
综上所述，依照《最高人民法院关于执行中华人民共和国行政诉讼法若干问题的解释》第五十六条第四项规定，判决如下：
驳回原告巴楚县新联房地产开发有限责任公司要求撤销被告巴楚县地方税务局作出的巴地税通【2016】3号《税务事项通知书》的诉讼请求。
案件受理费100元，由原告巴楚县新联房地产开发有限责任公司承担。
宣判后，新联公司不服，向本院提出的上诉请求是：1、依法撤销巴楚县人民法院做出的(2017)新3130行初5号行政判决书;2、依法将本案发回重审或改判撤销巴楚县税务局作出的巴地税通【2016】3号《税务事项通知书》;3、诉讼费用由巴楚县税务局负担;理由如下：税务机关在清算土地增值税前，首先应当确立清算单位，清算单位是否合法，是税务机关征收土地增值税行政行为是否合法的重要前提。但是感觉各项法律法规规定，土地增值税的最小清算单位为“幢”，而巴楚县税务局却违背规定，将土地增值税的清算单位进一步进行细分，进而导致其土地增值税计算错误，其行政行为明显违法。
巴楚县税务局辩称：税务机关依据相关法律法规的规定，对新联公司开发的新联未来城一期项目土地增值税做出的巴地税通【2016】3号《税务事项通知书》的征收决定，法律依据充足，理由充分，程序合法，其效力应予维护。新联公司的上诉是对土地增值税征收相关法律法规的错误理解，恳请二审法院驳回上诉，维持原判。
经审理查明：本案经二审公开开庭审理，二审查明的事实与一审相同。
本院认为：巴楚县税务局作为税收税务的征收行政主管部门，有权在其管辖范围内对税收税务作出征收决定。新联公司作为巴楚县的房地产开发企业有义务根据全国人大及相关部委制定的税收规定，履行纳税义务。就本案而言，新联公司对巴楚县税务局作出的巴地税通【2016】3号《税务事项通知书》所依据的相关税收法律法规均无异议，双方争议的主要焦点是：1、对土地增值税的清算单位确定的问题;2、对财税字【1995】48号文《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题的规定的通知》第十三条规定的理解与适用问题。
对于双方争议的土地增值税的清算单位确定的问题，新联公司主张，“土地增值税最小计算单位为一个幢号”;巴楚县税务局在清算新联未来城一期项目土地增值税时，不应在“一个幢号”的基础上再分别计算普通标准住房和非普通住房的增值额，缴纳增值税的做法，违反了“土地增值税最小计算单位为一个幢号”的法律规定。本院认为：依据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发【2006】187号)第一条：土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算，开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额;财税字【1995】48号文《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题的规定的通知》第十三条：对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额;《财政部 国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税【2006】21号)第三条：各地要进一步完善土地增值税预征办法，根据本地区产业增值水平和市场发展情况，区别普通住房、非普通住房和商业房等不同类型，科学合理地制定预征率，并适时调整;的规定，上述法律规定与新联公司主张，“土地增值税最小计算单位为一个幢号”的法律规定并不矛盾，土地增值税最小计算单位为一个幢号，但并不影响对一个幢号中不同类型的房屋分别计算增值额，征收土地增值税。同时这种操作方式也并不导致土地清算单位就演变为普通住宅、非普通住宅、商铺的结论。现实中大量存在开发商开发的房地产项目仅为一幢楼的情况，上述法律规定就是针对“开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额”，“对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额”做出的。新联公司开发的新联未来城一期项目，符合上述法律规定的情形，故巴楚县税务局在清算新联公司新联未来城一期项目土地增值税时，对新联公司开发的项目中不同类型的房屋分别核算增值额，征收土地增值税的做法符合上述法律规定，应予支持。新联公司主张“土地增值税最小计算单位为一个幢号”;不应分别计算增值额，缴纳增值税的上诉理由，没有法律依据，是其对法律法规的误解所致，应予驳回。
对于双方争议的对财税字【1995】48号文《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题的规定的通知》第十三条规定的理解与适用问题。新联公司主张“分别计算增值额，并不产生分别计算土地增值税，而是为了区分普通标准住宅”;“新联公司虽然认可巴楚县税务局分别计算增值额的方式，但却并不认可巴楚县税务局分别设计土地增值税的行为，退一步讲，新联公司完全可以以放弃免税权利为代价，来要求合并计算土地增值额，进而合并计算土地增值税”;依据财税字【1995】48号文《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题的规定的通知》第十三条：对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条(一)项的免税规定的规定，本院认为：分别核算增值额的目的，就是为了分别计算土地增值税，通过分别核算增值额达到分别计算土地增值税，进而起到税收杠杆调节的作用，达到引导房地产经营方向，规范房地产市场的交易秩序，合理调节土地增值收益分配，促进房地产开发的健康发展的目的。故新联公司主张“分别计算增值额，并不产生分别计算土地增值税，而是为了区分普通标准住宅”的上诉理由，没有法律依据，是对法律的曲解，不予采纳。财税字【1995】48号文《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题的规定的通知》第十三条的规定，并没有赋予新联公司在分别核算增值额和分别计算土地增值税方面具有选择权，即“新联公司完全可以以放弃免税权利为代价，来要求合并计算土地增值额，进而合并计算土地增值税”;而是进一步对应该分别计算，没有分别核算的纳税人，普通标准住宅不得享受免税的规定，是一种惩罚性条款，而非选择性条款。所以新联公司的该上诉理由，与法律原意相悖，系其错误理解法律意思所致，不予采纳。
综上，原审认定事实清楚，程序合法。依据《中华人民共和国行政诉讼法》八十九条规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
本判决为终审判决。
二审诉讼费50元，由巴楚县新联房地产开发有限责任公司负担。
审判长 万钧
审判员 阿地力江·阿不都克力木
审判员 帕提古丽·艾则孜
二〇一八年十月二十九日
书记员 郭斌 |
